El Colegio San Luis Gonzaga tiene sus raíces en la voluntad del capitán Antonio de Vargas de Medrano, quien, en su testamento de 1692, destinó sus bienes para fundar un colegio en Ica bajo la dirección de la Compañía de Jesús. Al fallecer en 1692, la Compañía gestionó sus legados, incluyendo tierras de la hacienda San Jerónimo, mientras aguardaban la autorización real para establecer el colegio y una iglesia.

El colegio recibió el apoyo de otros benefactores. En 1745, Don Juan de Loyola Haro de Molina dejó en su testamento bienes para sostener el Colegio San Luis Gonzaga. Don Antonio del Huerto también contribuyó con tierras, y Don Clemente de la Mata donó 40,000 pesos en 1753. Finalmente, el 22 de agosto de 1740, se otorgó la licencia real a los jesuitas, designando al padre Gabriel de Orduña como el primer rector. Bajo su dirección, se adquirieron solares en la Plaza de Armas y se construyeron dos claustros con aulas. El colegio fue inaugurado el 21 de junio de 1748, pero cerró en 1767 tras la expulsión de los jesuitas.

Antigua fachada del colegio. Sin fecha. 
Antiguo patio del colegio. Sin fecha.

No fue hasta el siglo XIX que se reanudó la educación en Ica. En 1826, tras gestiones de los diputados Carlos Pedemonte y José M. Meza, se fundó un nuevo colegio de ciencias en el antiguo edificio jesuita, ahora bajo los religiosos de Nuestra Señora de la Merced. El Dr. Isidoro Caravedo se encargó de las refacciones y la adquisición de útiles escolares. El colegio fue rebautizado como «Institución Bolivia» en julio de 1826, aunque posteriormente se restableció su nombre original.

A través de la ley del 15 de junio de 1831, se le asignó una renta estatal de 600 pesos anuales, aunque sufrió interrupciones en 1850 y 1866. En 1867, reabrió con renovaciones y alcanzó su auge bajo la dirección del presbítero Mariano García. Desde sus inicios, el colegio ofreció becas para la educación superior. En 1828, se permitió que graduados de derecho recibieran títulos de la Universidad Mayor de San Marcos, y en 1862, se transformó en un colegio de educación secundaria.

El colegio sufrió cierres durante la Guerra del Pacífico, cerrando en 1875 y nuevamente en 1879, cuando fue utilizado como cuartel por el ejército chileno. Aunque reabrió en 1880, enfrentó otra clausura entre 1881 y 1886 debido a la crisis económica posterior a la guerra. Durante este tiempo, se gestionaron rentas de conventos suprimidos para su mantenimiento.

El colegio cerró nuevamente entre 1886 y 1889 por una crisis interna, pero reabrió en 1891 bajo el Dr. Ureta, quien revitalizó la institución. Se aumentaron las rentas, se construyeron espacios administrativos y se formó una banda de música. Durante el siglo XX, el colegio continuó creciendo, abriendo una sección preparatoria en 1906, estableciendo el nivel de primaria en 1910 y gestionando la autorización para usar la Hacienda Tacama como nuevo local en 1913. En 1936, se inauguró la sección de agricultura.

Estudiantes durante evento escolar. Sin fecha.
Alumnos y estudiantes. Año 1929. 

Durante el gobierno de Manuel Odría, el colegio se transformó en la Gran Unidad Escolar San Luis Gonzaga como parte de su proyecto educativo nacional. En 1949, se aprobó la construcción de nuevos pabellones, y en 1951, el colegio se trasladó a su nueva sede. En 1953, recuperó su nombre histórico de Colegio Nacional San Luis Gonzaga, que mantiene hasta hoy.

El terremoto de agosto de 2007 dañó gravemente el colegio, pero en 2009 se inauguró un nuevo local como parte de su reconstrucción. Este nuevo espacio incluye un pabellón de tres pisos, un laboratorio de cómputo con 40 laptops, televisores, y equipos para la banda de música. Además, se anunció la construcción de un estadio olímpico.

El 1 de junio de 2010, el Ministerio de Educación declaró al colegio como institución educativa emblemática. En la actualidad, cuenta con modernas instalaciones, que incluyen talleres técnicos, una piscina semiolímpica, un estadio de fútbol y un auditorio. El Colegio San Luis Gonzaga sigue siendo un referente en la formación de niñas, niños y jóvenes en Ica, manteniendo un sólido legado educativo y un compromiso con la excelencia académica.

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